Ngày 25 tháng 9 năm 1352, ông được Ashikaga Yoshiakira đặt lên ngôi[2] sau khi Thái tử nhiếp chính Tadahito cùng hoàng tộc Bắc triều bị quân Nam triều bắt về Yoshino trong cuộc tấn công bất ngờ vào Kyoto năm 1351.

Trong thời gian Go-Kōgon ở ngôi, chiến tranh Nam - Bắc triều vẫn tiếp tục và kinh đô Kyoto của ông liên tục mất ổn định. Quân Nam triều nhiều lần tấn công kinh đô khiến triều đình ông ta phải bỏ chạy về Omi và những nơi khác. Mãi đến khi Ashikaga Yoshimitsu, con trai của Yoshiakira lên làm Shogun, tình hình bắt đầu lắng dịu. Yoshimitsu đem quân tấn công lực lượng của daimyo thủ hộ chống đối, qua đó kiềm chế sức mạnh của Nam triều. Nhờ chính sách này của Yoshimitsu mà Nam triều suy thoái và tạm dừng các cuộc tấn công vào Bắc triều, trất tự tại Kyoto được củng cố.

Chiến tranh liên miên làm hai phe Nam - Bắc triều cùng suy yếu, Thiên hoàng Go-Kōgon về sau cũng bị mất hết quyền lực, trở thành bù nhìn.

Vào ngày 09 tháng 4 năm 1371, ông thoái vị để con trai thứ hai là thân vương Ohito sẽ lên ngôi, hiệu là Thiên hoàng Go-En'yū.

Ông trở thành Thượng hoàng, mất tại chùa vì bệnh tật vào ngày 12 tháng 3 năm 1374.

Niên hiệu

Cũng như các Thiên hoàng tiền nhiệm của Bắc triều, ông đặt hai hệ thống niên hiệu:

Niên hiệu chính thống

• Shōhei (1346–1370)
• Kentoku (1370–1372)

Niên hiệu của Bắc triều

• Kannō (1350–1352)
• Bunna (1352–1356)
• Embun (1356–1361)
• Kōan (1361–1362)
• Jōji (1362–1368)
• Ōan (1368–1375)